保安事業の業務は、1965(S40)2月の理事会において「線路工事監督要員講習会について」を決議し、当局を交えた小委員会で制度を検討する」ことに始まります。9月には東京鉄道管理局主催(事務局は日本鉄道施設協会)で第１回特異特工事指揮者講習会が開催され、続き1966(S41)には東鉄、高鉄、千鉄、札鉄、東工で開催されました。

翌年1967(S42)には全鉄道管理局、全工事局で講習会が開催されるようになり、工事管理者の認定制度が始まりした。この講習会業務を行うため８月には保安事業部を設置しました。以来、当協会では、各鉄道会社から資格認定業務を委嘱され、資格認定機関として運転適性検査の実施、医学適正検査結果の確認、そして資格講習会を行い、資格認定証を発行・交付しています。

鉄道に関する技術上の基準を定める省令（2002(H14)3.31施行）が施工されると第10条に基づく教育を、鉄道事業者から委託を受け実施するようになりました。